Paulo Roberto Nagamura nació en São Paulo, Brasil el día 2 de marzo de 1983 teniendo la nacionalidad japonesa por su padre. Nagamura empezó su carrera futbolística en las divisiones inferiores del São Paulo FC de su país natal en 1994, pero tiempo después se fue ganando la confianza del técnico del equipo hasta que llegó al 11 titular.

En el año 2001 emigra al fútbol inglés llegando al poderoso Arsenal FC bajo la mano del director técnico francés Arsène Wenger. En el año siguiente de su llegada al fútbol inglés es campeón de la Premier League con el Arsenal.

En el 2005 emigró del fútbol inglés al fútbol estadounidense, llegando entonces a Los Ángeles Galaxy. Con ese equipo ganó la MLS Cup y la Lamar Hunt U.S. Open Cup el mismo año que llegó.

En el mercado de invierno del 2007 el Toronto FC canadiense lo contrata. En el mercado de verano del mismo año llega al club Chivas USA estando en del 2007 al 2009.

En Enero del 2010 el Tigres mexicano lo contrata a préstamo por seis meses con opción de compra al Chivas USA, supliendo el lugar de "La Gata" Fernández, quien dejara a el equipo a una semana de comenzar el Bicentenario 2010.

Sao Paulo	Arsenal FC	Galaxy L.A.
1994-2001	2001-2004	2005-2006
Toronto FC	Chivas USA	Tigres UANL
2007	2007-2009	Bicentenario 2010 - (?)