Francisco Acuña recibió la oportunidad de debutar gracias a la regla 20/11 y a Manuel Lapuente en el Torneo Apertura 2008, aunque ciertamente nadie se lo esperaba. Su debut en Primera División no pudo ser mejor ya que fue durante el Clásico Regiomontano No. 87, teniendo una actuación sobresaliente participando en todos los goles de su equipo y anotando el cuarto y último gol del partido que termino 4-1. Después del partido fue apodado el "Messi" Acuña por el desempeño del Clásico.

A pesar del soberbio partido que tuvo en su estreno con el primer equipo, no tuvo la oportunidad de ser titular y se mantuvo como una opcion más en la banca, a pesar de que la hinchada pedia que le dieran más juego.

Ya con Daniel Guzmán al mando, formó parte del equipo que conquisto la Superliga 2009 y un millón de dolares, viendo acción en dos partidos de la primera fase: la derrota 3-1 contra San luis y la victoria 2-1 sobre Chicago Fire, ambas ocasiones entrando de recambio.

En el Bicentenario 2010 Acuña vivio un momento curioso, pues, desde la llegada de Guzmán al baquillo felino su participación habia sido casi nula, pero en Clásico No. 91, cuando su equipo estaba perdiendo por 2-1, el estratega decidio meter a "Acuñita" esperando que este le resolviera el partido como años atras se lo habia hecho a Manuel Lapuente, cosa que no sucedio pues el marcador ya no se movio.